李정부 첫 세법개정안 국무회의 통과 … '시행령' 대주주 양도세는 빠져

법인세, 소득세, 종합부동산세 등 주요 세법 개정을 다룬 '2025년 세법개정안'이 26일 국무회의를 통과했다. 대주주 양도소득세 기준 10억원 강화 방안은 법률이 아닌 시행령이어서 제외됐다.

기획재정부는 이날 정부서울청사에서 김민석 국무총리 주재로 열린 국무회의에서 13개 세법개정안을 의결했다고 밝혔다. 의결된 세법개정안은 다음 달 3일까지 국회에 제출한다. 

개정 대상은 국세기본법과 조세특례제한법, 소득세법, 법인세법 등이다. 정부가 제출한 개정안은 국회 심사를 거쳐 확정된다.

기재부는 지난달 법인세율을 과표구간별로 1%포인트씩 인상하고, 주식 배당소득 분리과세를 도입하는 내용 등을 담은 세제개편안을 발표했다. 정부는 신성장동력을 발굴하기 위해 인공지능(AI)과 연구개발(R&D)에 관한 세제 혜택도 강화하기로 했다.

주식 투자자들의 관심사인 주식 양도소득세 대주주 기준 강화 여부는 추가 논의가 필요한 상황이다. 대주주 기준 변경은 소득세법 시행령 사안이라 정부 차원에서 조정할 수 있다. 

정부는 양도세 부과 기준을 종목당 보유 금액 '50억 원 이상'에서 '10억 원 이상'으로 변경할 필요가 있다는 입장이다. 그러나 투자자 반발에 따라 여당이 "현행 기준을 유지할 필요가 있다"는 의견을 제시하면서 제동이 걸렸고 심사숙고 중이다.

구윤철 부총리 겸 기재부 장관은 전날 국회 예산결산특별위원회에 참석해 "투자자들이 마음의 상처를 받고 분노했다면 송구하게 생각한다"며 "잘 판단해서 늦지 않은 시기에 정부 입장을 발표하겠다"고 말했다.