재정경제부 '2025년 세제개편' 후속 조치 발표반도체·AI·수소 R&D 등 공제 대폭 확대국가전략기술 8개 분야 78개→81개 늘려'AI 학습용데이터 구매비' R&D 비용 세액공제
  • ▲ 조만희 재정경제부 세제실장이 지난 15일 세종시 정부세종청사에서 '2025년 세법개정 후속 시행령' 주요내용을 발표하고 있다. 2026.01.16. ⓒ뉴시스
    ▲ 조만희 재정경제부 세제실장이 지난 15일 세종시 정부세종청사에서 '2025년 세법개정 후속 시행령' 주요내용을 발표하고 있다. 2026.01.16. ⓒ뉴시스
    앞으로 순이익을 내지 못한 적자 배당기업의 주주들까지 배당소득 분리과세 혜택을 받을 수 있게 됐다. 펀드·리츠 등 상품은 세제 혜택에서 제외하기로 했다.

    재정경제부는 16일 이 같은 내용을 담은 '2025년 세제개편' 후속 조치로 세제 관련 시행령 개정안을 발표했다. R&D 세액공제 적용범위 확대와 자본시장 활성화, 지역성장 지원, 취약계층·소상공인 지원 등 세부 기준을 시행령에 담았다. 개정안은 다음달 5일까지 입법예고를 거쳐 2월 중 국무회의, 2월 말 시행 될 예정이다. 

    이번 시행령 개정안은 크게 ▲경제대도약 지원 ▲민생안정을 위한 포용적 세제 ▲세입기반 정상화 및 조세제도 합리화 ▲조세탈루 방지로 구성됐다.

    정부는 미래전략산업 지원을 위해 국가전략기술과 신성장·원천기술 범위를 확대하고 세제 지원을 강화한다. 국가전략기술은 8개 분야 78개 기술에서 81개 기술로 늘리며, 반도체 분야에 차세대 MCM 관련 신소재·부품 개발을 신설하고, 에너지효율 향상 반도체 설계·제조 범위를 패키징 기술까지 넓힌다. 수소 분야는 탄소포집 청정수소 생산 범위에 청록수소 기술을 포함한다.

    또 AI 연구개발 지원을 위해 '인공지능 학습용데이터 구매비'에 대해 R&D 비용 세액공제를 적용한다. 국가전략기술·신성장 연구개발시설은 사업화 과정에서 한시 활용되더라도 일정 요건을 충족하면 해당 공제율을 적용받을 수 있도록 적용방식을 손질한다.

    자본시장 활성화 방안으로는 고배당기업 배당소득 분리과세 특례의 대상과 절차를 시행령에 구체화한다.

    배당소득 분리과세는 '배당성향 40% 이상' 또는 '배당성향 25% 이상이고 이익배당금액이 10% 이상 증가'라는 요건을 충족한 고배당 기업으로부터 받은 배당금에 대해 종합소득에 합산하지 않고 별도 세율로 과세하는 제도다.

    이번 시행령 개정을 통해 현금배당(중간·분기·특별·결산배당 포함)을 대상으로 하되, 펀드·리츠 등 유동화전문회사는 원칙적으로 제외하고 적자 배당 기업은 일정 요건 하에서 제한적으로 허용한다.

    당기순이익이 '0' 이하인 적자 배당 기업에게도 제한적으로 문을 연 것이다. 다만, 적자배당 기업이 분리과세 대상에 포함되려면 전년 대비 배당금이 10% 이상 증가해야 하고, 자본총액 대비 부채비율이 200% 이하여야 한다는 조건을 충족해야 한다. 배당성향은 연결재무제표 기준을 원칙으로 산정한다.

    아울러 대기업집단의 미환류소득에 추가과세하는 투자·상생협력 촉진세제는 환류대상에 배당을 추가하고, 환류비율을 기업소득의 80%, 또는 30%로 상향하는 방식으로 개편을 추진한다.

    지역성장 지원을 위해서는 비수도권 준공 후 미분양 주택 해소와 인구감소(관심)지역 주택 취득 지원 기준을 구체화했다. 1주택자가 비수도권 준공 후 미분양 주택을 추가 취득할 때 적용되는 양도세·종부세 특례의 가액 기준은 6억원에서 7억원으로 상향한다.

    또 CR리츠가 매입하는 비수도권 준공 후 미분양 주택에 대해 법인 추가과세 배제 및 종부세 합산배제(5년) 지원기간을 올해 12월 31일까지 연장하는 방안도 포함됐다.

    인구감소(관심)지역 관련 특례는, 1주택자의 세컨드홈 특례 적용 대상 주택 가액기준을 기준시가 4억원 이하로 규정했다. 다주택자의 경우에도 일정 요건(지역·가액 기준) 하에서 양도세·종부세 산정 시 주택 수에서 제외하는 방안을 담았다.

    민생 지원책으로는 청년미래적금 이자소득 비과세의 가입 요건(연령·소득·소상공인 기준)과 중도해지 사유를 시행령에 명확히 했다. 야간근로수당 등 비과세 대상 생산직 근로자의 소득기준은 월정액 210만원→260만원, 총급여 3000만원→3700만원으로 완화한다.

    주거 지원에서는 월세 세액공제와 관련해 주말부부 요건을 구체화하고, 다자녀가구(3자녀 이상)는 대상주택 규모 기준을 지역 구분 없이 100㎡ 이하로 넓혔다.

    소상공인 분야에서는 폐업 후 재기한 영세사업자의 징수특례 적용 대상을 특수형태근로종사자까지 확대하면서, 고용보험 가입 및 3개월 이상 납부 요건을 제시했다. 생계형 체납자 납부의무 소멸 특례는 수입금액·실태조사일·징수곤란 인정 기준 등을 시행령에 담았다. 노란우산공제는 경영악화 요건을 '직전 3년 평균 대비 50% 이상 감소'에서 20% 이상 감소로 완화하고, 납입한도를 연 1800만원으로 올해 7월 1일부터 확대한다.

    세부담 정상화 차원에서는 전자신고가 정착된 세목에 대해 전자신고세액공제 기준금액을 50% 인하한다(종합소득세·법인세 2만원→1만원, 부가세 1만원→5000원). 근로소득 원천징수 단계에서 자녀세액공제 인상분을 반영해 간이세액표를 조정하는 방안도 담았다.

    조세탈루 방지와 징수 효율화 측면에서는 체납 실태확인원 비밀유지의무 위반 과태료(최대 2000만원) 신설, 외국법인 연락사무소 현황자료 미제출 과태료 구체화, 현금영수증 의무발급 대상 업종 2개 추가 등이 포함됐다.

    재정경제부는 "소비·투자·수출을 뒷받침하면서도 조세제도의 합리성과 납세자 권익을 함께 강화하는 방향으로 시행령 후속조치를 마련했다"고 밝혔다.