탈많은 R&D세액공제, 사전심사 받으면 사후관리 면제

세무당국이 기업과 과세관청 사이에서 가장 많은 분쟁이 일어나는 연구·인력개발비(R&D) 세액공제와 관련 사전심사에 나선다. 사전심사를 통해 기업들이 불이익을 받지 않도록 예방하겠다는 취지다. 

국세청은 25일 연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 받으려는 내국법인과 개인사업자(거주자)에 대해 법인·소득세 신고 전까지 사전심사를 신청하라고 안내했다. 

연구·인력개발비 세액공제는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세 또는 소득세에서 공제하는 조세지원 제도다. 기업 입장에서는 조세절감 효과가 크지만 연구·인력개발 활동 여부나 공제대상 비용 범위에 대해 이견이 종종 발생하기도 한다. 

이에 국세청은 지난 2020년부터 기업들이 세액공제를 신청했다가 추후 가산세 등의 불이익을 받지 않도록 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해 주는 사전심사 제도를 운영 중에 있다. 

2020년 신청건수는 1547건이었으며 지난해에는 2332건의 신청을 받아 사전심사를 진행했다.  

사전심사를 받은 뒤 그 결과를 반영해 법인세나 소득세 신고를 했다면 신고내용 확인과 감면사후관리 대상에서 제외되는 혜택이 있다. 

또 세무조사를 통해 사전심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제되기 때문에 납세자 입장에서 애매한 부분이 있다면 사전심사를 신청하는 것이 안전하다.  

사전심사 신청대상은 세액공제를 받으려는 내국법인과 개인사업자(거주자)로 모든 사업자가 의무적으로 신청해야 하는 것은 아니다. 

사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있기 때문에 사전심사를 받을지 여부를 스스로 선택하면 된다. 

신청기한은 법인세나 소득세 신고 전까지다. 법인세의 경우 3월에, 종합소득세의 경우 5월에 신고해야하기 때문에 본인이 어디에 해당하는지 파악해 신청하면 된다. 법인의 경우 2월에 미리 신청하면 심사결과를 조기에 통보받아 법인세 신고에 반영할 수 있다. 

만약 법인세나 소득세 신고 전까지 신청을 하지 못했다면 추후 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 사전심사를 신청할 수 있다. 

신청방법은 홈택스(www.hometax.go.kr)나 우편 또는 세무서 민원봉사실이나 지방청 법인세과를 방문해 신청하면 되며 연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 한다. 

연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.

세액공제를 이미 신청한 사항이나 보완 요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사에서 제외될 수 있다. 

납세자가 사전심사를 신청하면 국세청과 다른 기관이 신청인이 수행한 연구개발 활동이 연구개발에 해당하는지 여부와 공제 대상 금액인지 여부를 확인한다. 

신성장·원천기술 연구개발비와 국가전략기술 연구개발비의 기술검토는 한국산업기술진흥원이 심사하며 일반 연구·인력개발비의 기술검토는 국세청이 담당한다. 비용검토는 국세청이 모두 심사한다. 

중소기업에 대해서는 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당한다. 

심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한해 재심사를 청구할 수 있다.